饮料无尘车间无菌灌装是指将经过杀菌后已获得商业无菌状态的半成品流体，封闭在已杀菌的容器中，在洁净环境下灌注，灌装后灌装容器保持密封以防止再度感染，达到在不加防腐剂、不经冷藏条件下得到较长质保期的灌装方法。由于无菌饮料灌装的灭菌时间短，因而饮料的营养成分破坏少，色、味保持较好，近年来在牛奶、酸奶、果汁等灌装中均得到广泛应用。
无菌灌装包含：灌装材料无菌、灌装产品无菌、灌装环境无菌和灌装后完整封合四个要素。“无菌”表明了产品中不含任何影响产品质量的微生物，“完整封合”表明了经过适当的机械手段将产品封合到一定容积的灌装内，能防止微生物和气体或水蒸汽进入灌装。
1、无菌灌装材料：无菌灌装材料一般有金属罐、玻璃瓶、塑料容器、复合罐、纸基复合材料、多层复合软灌装等几种。
2、灌装产品的无菌：食品物料的杀菌分为热力杀菌和冷杀菌。目前主要以热力杀菌为主，其又分超高温杀菌和高温短时杀菌两种，物料的冷杀菌方法主要指紫外线和微波杀菌。
3、灌装环境的无菌：无菌灌装系统主要分为两大类系统，敞开式无菌灌装系统和封闭式无菌灌装系统。它们之间大的区别是封闭式无菌灌装系统比敞开式无菌灌装系统多了无菌室；灌装材料要在无菌室内杀菌、成形、灌装。由于无菌室一直通有无菌气体保持其正压，所以无菌无尘车间能有效防止微生物的污染，因此在饮料生产中应用广泛。
4、灌装封口：灌装封口对无菌灌装来说是后一个环节，也是关键的一个环节，其直接影响产品的灌装品质和储存期。其要求是一方面能防止微生物和气体或水蒸汽侵入，另一方面是不能让产品自身的气味和原液溢出。 多数无菌灌装封口采用热封、超声波或胶片、气封，有些用折叠、项合封口，封口时注意压力应均匀分布于密封表面；封口过程的条件如封口温度、时间、压力必须有安全界限，并能控制；封口表面应避免产品或其它污物污染；封口位置必须准确，特别是热成型/灌装/封口同机进行情况下，更应防止封口位置发生偏差。
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